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Accueil du site > Séminaires > Mathématiques des systèmes complexes > Classification methods for DNA barcoding

Vendredi 15 février 2008 à 11h00

Classification methods for DNA barcoding

Madalina Olteanu (Samos, Université Paris 1)

Résumé : Le projet international Barcode www.barcodeoflife.org, démaré en septembre 2007, se propose de créer une très large base de données et de développer des méthodes statistiques et biologiques permettant l’identification de l’espèce d’un individu à partir d’un "code de barres" génétique unique pour tous les organismes vivants. Cette présentation est dédiée à l’apport des méthodes de classification non-supervisée au problème de taxonomie génétique soulevé par le projet. Plus particulièrement on s’intéresse à des cartes de Kohonen spécifiques pour ce type de données (discrètes, en grande dimension, avec des observations identiques). Le choix de l’algorithme est doublement justifié : d’une part, c’est une méthode qui produit une projection nonlinéaire permettant d’apprécier des distances entre les différentes classes et donc entre les espèces et d’autre part, la classification étant non-supérvisée, des regroupements d’individus particuliers pourraient conduire à des conclusion sur l’existence de nouvelles espèces. Plusieurs jeux de données illustreront ensuite la méthode.

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